أوصت ندوة “ينبع عبر التاريخ” بتوثيق تاريخ المدينة المنورة ومحافظاتها توثيقا علميا، والتأكيد على العناية بالمخطوطات والوثائق المتعلقة بها، والتوصية بطباعة مصادر تاريخ ينبع, وإعداد الدراسات العلمية حولها، والتأكيد على إثراء التواصل مع مصادر التاريخ الشفوي للفترات المتأخرة التي ما يزال من عاصرها على قيد الحياة، كما تضمنت التوصية إنشاء مركز بحثي يعنى بالساحل وتراثه.
وكما أوصت الندوة، بتعميق التواصل بين الباحثين والمؤسسات العلمية والكرسي في مجال تاريخ منطقة المدينة المنورة، والأبحاث المتعلقة بها والإشادة بتجربة الكرسي في هذه الندوة والدعوة إلى تبنيها في مدن أخرى، مثل العلا وخيبر ومهد الذهب، وغيرها، إلى جانب توثيق تاريخ المدينة والمحافظات توثيقا علميا، والتأكيد على العناية بالمخطوطات والوثائق المتعلقة بها, وتشجيع ودعم الباحثين المحليين في المحافظات التابعة لمنطقة المدينة المنورة والبحث عن المهتمين بالتاريخ لمحافظاتهم وإبراز عطاءاتهم المتميزة, وبطباعة مصادر تاريخ ينبع, وإعداد الدراسات العلمية حولها .
كما أكدت الندوة، أهمية إثراء التواصل مع مصادر التاريخ الشفوي للفترات المتأخرة، التي ما يزال من عاصرها على قيد الحياة, وتفعيل تواصل الكرسي مع أقسام التاريخ في الجامعات السعودية لطرح موضوعات علمية ذات صلة بمصادر تاريخ محافظات المدينة المنورة إضافة إلى العمل على ضرورة ضبط الأسماء والأماكن المتعلقة بتاريخ منطقة المدينة المنورة ضبطا علميا والتعريف بها, فضلا عن إنشاء مركز بحثي يعنى بالساحل وتراثه بطباعة أبحاث الندوة ونشرها.