طلبت مصر رسمياً من قبرص التحفظ على خاطف الطائرة، سيف الدين مصطفى، لحين إتمام إجراءات استرداده ومحاكمته في مصر.
وأرسلت النيابة العامة المصرية طلباً إلى السلطات القضائية القبرصية عن طريق وزارة الخارجية والإنتربول، لاستمرار التحفظ على الخاطف لحين إتمام إجراءات ملف الاسترداد وفقاً للاتفاقيات المقررة، ومنها اتفاقية تبادل المجرمين الموقعة بين البلدين في 25 مارس من العام 1996.
وقررت نيابة حوادث شرق القاهرة الكلية إخلاء سبيل طاقم الطائرة بعد التحقيق معهم في الحادث، حيث أكد قائد الطائرة، عمرو الجمال، أنه فوجئ وطاقمه بشخص يتجه نحو قمرة القيادة ويطالب بفتحها، مهدداً بحزام ناسف يلفه حول جسده، موضحاً أن الخاطف لم يستطع أن يقتحم الكابينة الخاصة بالقيادة لكونها مصفحة.
وقال الجمال إنه نجح ومساعده في خداع المتهم وتصويره دون علمه وإرسال صورته للأجهزة الأمنية، مشيراً إلى أن المتهم أعطاه ورقة مكتوباً فيها أنه يجب تحرير مصر، كما قدم ورقة أخرى يطالب فيها بالإفراج عن سجينات، وطلب التوجه بالطائرة إلى تركيا أو قبرص أو اليونان وهدده بتفجير الطائرة لو فكر في الهبوط بأي مطار مصري.
من جهته، أكد أعضاء طاقم الطائرة في التحقيقات أن عملية التفاوض مع الخاطف كانت تنقل لحظة بلحظة عبر موجة الطائرة المباشر والهواتف المحمولة للسطات في مصر. كذلك تم التقاط بعض الصور له، بعد موافقته لإرسالها للسلطات المصرية التي كانت تدير الأزمة في غرفة العمليات بمطار القاهرة.